1. По уровню нахождения органа в системе исполнительной власти в Российской Федерации (в зависимости от федеративного государственного устройства страны):

а) федеральные органы исполнительной власти (Правительство РФ, федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства);

б) органы исполнительной власти субъектов РФ: республик, краев, областей, городов республиканского значения (Москва и Санкт-Петербург), автономной области и автономных округов.

Для данного раздела классификации важнейшее значение имеет установление территориальных границ, в рамках которых тот или иной орган исполнительной власти может осуществлять государственно-властные полномочия. Традиционно в этом случае говорят о территориальном масштабе деятельности соответствующих органов исполнительной власти. Федеральные органы исполнительной власти, осуществляя государственное управление на территории всей Российской Федерации, могут создавать свои территориальные органы, которые не входят в систему органов исполнительной власти субъектов РФ (хотя их деятельность осуществляется в соответствующих субъектах РФ), а также территориально-региональные органыисполнительной власти, компетенция которых распространяются на территорию нескольких субъектов РФ (экономический район, военный округ, соответственно, можно говорить об органах управления в определенном экономическом районе, районах военного управления).

Принцип федерализма способствует формированию единой системы органов исполнительной власти, предлагающей как непосредственно подчиненность нижестоящих, так и известную самостоятельность, которая обеспечивается действующим законодательством. Именно с учетом принципа федерализма следует разрабатывать основные критерии распределения полномочий федеральных, региональных органов исполнительной власти и органов местного самоуправления, а также определять основы взаимодействия и порядок разрешения споров и коллизий между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов РФ.